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2012年10月7日 星期日

高中生物呼吸作用的教學與常見錯誤

進行呼吸作用教學時,高中老師們都會面臨一個抉擇點。
到底要教多深?
一般的選擇有幾個:
1.簡單說明物質的分解會放出能量, 轉移至ATP、NADH、FADH2等,最後全部轉為ATP才能讓其他反應使用。
2.說明各階段碳水化合物的碳數變化,以鍵結的斷裂釋能提供ATP、NADH、FADH2等高能分子合成,最後全部轉為ATP才能讓其他反應使用
3.說明個階段各化合物的化學結構變化,以鍵結的形成及斷裂說明能量的轉移及ATP、NADH、FADH2等分子的形成,最後全部轉為ATP才能讓其他反應使用。

在95課綱中,大多高二的學生可以用上面的第二種上法,因為多少有點化合物具有能量的概念。到了高三就可以用第三種了,因為在化學已經學過鍵結的概念了。

可是在99課綱,高一學生就要學習呼吸作用(還有光合作用!),而且才剛剛接觸ATP的概念,要直接用第二種上法實在會有很大的問題。很多老師也許不覺得,但是我認為老師只是沒有花時間去瞭解學生到底在腦袋中形成什麼故事。如果花時間瞭解,就會發現學生其實很模糊。學生也許在選擇題上,可以多做幾次就知道要選哪個答案,但是實際上所認知的故事很可能跟老師的版本是天差地遠呢。

尤其是在之前學ATP跟能量的關係時,可能就具有或形成很多迷思,在光合及呼吸作用這兩個完全關乎能量的單元,當然也就一路錯下去。

如果跟化學老師討論後,各位生物老師你會發現, 原來我們在生物學上使用的一些名詞及動詞都是誤用,而我們要表達的概念卻是需要具有很多默契才能知道的,但學生沒學過生物,沒有我們的默契,所以當然也就會抓不住我們要表達的概念到底重點在哪裡。

99課綱的學生在小時候就不斷地被塞了太多的東西,沒有時間針對所學形成自己的看法與故事,以至於他們現在連形成錯誤故事的能力都沒有了,他們多的是只希望老師告訴他要背什麼,有些用功的小孩也是希望老師能從頭到尾講得很清楚,他才能在心中「留下」一個故事大綱(不是「形成」喔)。

這超可怕的。

我在上這個部分的時候,即使是高三的學生也不一定用到第三種方法,因為其實生物老師的講解,就化學老師看來都是錯誤連篇。講越多就錯越多。

舉例來說,鍵結斷裂需要能量,不會放能。可是在生物的教學上,常常用「碳之間的鍵結斷裂放出能量,使ADP能加上一個磷酸根,形成ATP」來告訴學生。這樣的一句話其實一共描述了好多反應,可是學生卻不知道。當他用化學課所學來理解生物課的內容,是會有很多衝突的,當然最後只好用背的方式來寫考題。

(另外,其實我覺得應該還要提醒呼吸作用所需要的氧氣及所放出的二氧化碳,與循環及呼吸系統的關聯。)

尤其是最近仔細反覆研讀生化課本中的呼吸作用,就發現,即使是第三種方法,其實也都漏了兩個最重要的重點,這兩個重點,在我看來,遠比教授呼吸作用的每一個步驟重要。
1.糖解作用與克氏循環的步驟中,反應物與產物之間的能量關係。
2.這些步驟如何被調控?在前面學習ATP的章節中,常會有考題問學生ATP/ADP的比值如何影響代謝作用,是會促進放能,還是促進需能。而我們在教呼吸作用的時候,若不回到這一點,其實就非常可惜。整個生物學中關鍵的能量主題就會變得零碎。

下面是我在網路上找到有關糖解及克氏循環各階段產物的能量變化。可以看出來的確大多是放能反應。

IMAG0478


IMAG0473 這張圖是我翻了生化課本中,有關各階段的調控點,可以說明細胞中呼吸作用是遵循經濟原則的。


以下是讀書筆記。
黑筆是各階段的總反應,藍筆是細節,紅筆是我覺得重要的地方。少數鉛筆寫的是我自己的想法。有些化學上的名詞我不太瞭解就是了。
像是乙醯輔酶A的形成及alpha-ketoglutarate的分解其實牽涉到三酶系統,酶的排列及作用很有意思,如果真的講到化學結構的變化而沒有講這個真的很可惜。


  IMAG0468IMAG0469IMAG0470IMAG0471IMAG0472IMAG0473

以下是因應學生說不看化學式他們會覺得抽象,所以找來印給他們的。

IMAG0475 IMAG0477


然而我覺得,若真要講仔細一點,不如把時間花在講下面這類圖。
呼吸作用與其他反應的關聯。
IMAG0476

2012年8月10日 星期五

次級主動運輸的好處

今年開始上課喜歡問為什麼。
教次級主動運輸的時候,很高興同學也問為什麼。
小腸絨毛細胞為什麼不直接用初級主動運輸吸收葡萄糖就好?

所以我反問
如何找到這個問題的答案?
要先釐清是不能利用初級主動運輸,還是次級主動運輸比較好?
過了一節課,再繼續問要如何排除其中任何一種可能?

我覺得還滿好玩的,還真的有學生在我沒有提供任何暗示的情況之下,推出接近的答案。


我找到了The Energetics of Transport Across Membranes,裡面有相關資訊。
以下是我的筆記(圖片來源就是該網頁優)



分子或離子的移動牽涉到自由能。

自由能減少時會釋出能量,增加時則表示需要吸收能量

假設
  • 細胞內葡萄糖濃度是0.5 millimolar (mM)
  • 細胞外葡萄糖濃度是5 millimolar (mM)
  • 體溫為37°C, 換算為絕對溫度是37 + 273 = 310°K
則由細胞外擴散進入細胞內的自由能是
     ΔG = (2)(273+37) x ln (0.5/5)
           = (2)(310) x ln (0.1)
           = (620)(−2.3) = −1426 cal/mole= −1.4 kcal/mole

 此反應為釋能反應,會自然發生

但是在腎小管再吸收葡萄糖時面對的是相反的狀況。
近曲腎小管內濾液的葡萄糖會再吸收回血管,經過腎小管上皮細胞、基底層細胞、組織間隙及血管壁。

隨著再吸收的進行,濾液中的葡萄糖濃度會越來越低( 0.005 mM),而血中葡萄糖濃度是5 mM(就是細胞外葡萄糖濃度是5 mM)

這個過程的自由能是
ΔG = (2)(310) x ln (5/.005)
      = 620 ln (1000) = (620)(6.91) = + 4284 cal/mole
      = + 4.3 kcal/mole

必須提供能量才能發生。


這個過程是經過Na+/葡萄糖同向通道蛋白
Na+而言是由140 mM -->10 mM
ΔG = (2)(310) ln (10/140)
      = (620) ln (0.07) = (620)(− 2.64) = −1637 cal/mole
      = −1.6 kcal/mole
釋出1.6 kcal/mole


以葡萄糖而言是由0.005 mM --> 5 mM
ΔG = (2)(310) x ln (5/.005)
      = 620 ln (1000) = (620)(6.91) = + 4284 cal/mole
      = + 4.3 kcal/mole
需要+ 4.3 kcal/mole

所以光是濃度梯度所釋出的能量是不足以讓葡萄糖移動的。

Na+帶有正電,移動進入電位較低細胞內時,可以提供第二種助力,讓葡萄糖移動。
這個過程的自由能是
ΔG = (z)(F)(Vm)
  • z =電價(+1 in this case)
  • F = 23,062 = the calories released as one mole of charge moves down a voltage gradient of 1 volt (1000 mV)
  • Vm = 膜電位約 − 70 mV (哺乳動物)
 ΔG =(+1)(23,062)(- 0.07)
        = −1,614 cal/mole (−1.6 kcal/mole)


所以Na+順著濃度梯度及電位梯度移動時所釋出的能量是
ΔG =(−1637 cal/mole)+(−1614 cal/mole) =-3.3 kcal/mole
是不足以讓葡萄糖移動的(4.3 kcal/mole)
所以這個過程通常是每2個Na+才能帶動1個葡萄糖

但這還是沒有解釋為何要利用Na+帶動葡萄糖移動,而不直接水解ATP。
主要的原因是這邊的Na+的梯度是由 Na+/K+ ATPase所建立的。
================================================
 Na+/K+ ATPase會將3Na+移出/2K+移入細胞
造成 Na+細胞外濃度145mM,細胞內濃度為15mM
           K+細胞外濃度4.5mM,細胞內濃度為160mM

Na+/K+ ATPase將3Na+移出/2K+移入細胞的自由能
是41.7kJ/mol-->0.00988kCal/mol(參考資料p.20)

 







所以顯然利用Na+梯度移動葡萄糖要省得多!!
細胞裡的一切都是關乎能量啊。

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粒線體產生的ATP中,有1/3消耗在Na+/K+ ATPase。
 Na+/K+ ATPase建立的梯度非常重要
1.膜電位可以讓神經及肌肉細胞以電位改變來引發功能
2.細胞外 Na+濃度高,可以讓水分子留在細胞外,避免細胞破裂
3.提供次級主動運輸蛋白移動其他分子(Na+/葡萄糖or胺基酸、H+/KNa+/iodide +、神經傳導物質回收)



2009年5月17日 星期日

[筆記]義大利麵的結構

http://sa.ylib.com/saeasylearn/saeasylearnshow.asp?FDocNo=1387&CL=86 煮久不黏糊的義大利麵

以下為摘錄

1.製作義大利麵所使用的杜蘭粗粒麵粉(semolina)是研磨自杜蘭小麥(Durum wheat),這種小麥的麥粒結構、成份與一般小麥不同,例如杜蘭粗粒麵粉的蛋白質含量很高,而且其中的小麥穀蛋白(glutenin)以低分子量為主,不同於一般麵粉是高分子量佔多數,因而杜蘭小麥麵筋彈性較差,也就是麵塊拉伸或按壓後回復到原來狀態的能力較差
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2.再如杜蘭粗粒麵粉含較多的黃色素,如芸香素(rutin)約是一般小麥的2~3倍,所以杜蘭粗粒麵粉的外觀呈金黃色澤。
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3.義大利麵不容易煮熟,就算煮過頭也不至於太黏糊。台灣食品零售業聯華實業公司研發部長吳宗沛解釋,麵條煮爛後的黏糊口感主要來自麵條表面有些蛋白質受熱斷裂而成的小分子,以及澱粉粒吸水受熱後,因膨脹破裂而溶出斷裂的澱粉分子,尤以後者為主要原因;煮久不易糊爛的義大利麵,是因為使用了特殊的擠壓方式製作,使得澱粉顆粒不易崩解。(註:有些義大利麵的製法和白麵條一樣,使用一般杜蘭麵粉以攪拌及延壓方式製成,這種義大利麵就可能因煮過頭而糊爛。)
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4.義大利麵的製程是採真空攪拌,麵塊內的氣體會在極短時間內被抽走,造成麵粉間的距離縮小,而之後麵塊經螺軸擠壓機成形過程,機器的壓力也會使麵塊緊實結合,因此煮義大利麵時,水份只能從麵條外一層一層慢慢滲入而煮熟。平常吃的白麵條表面有不少澱粉粒,而且麵條結構鬆散、氣孔多,水份容易從表面鑽進麵心,因此很容易使澱粉粒吸水膨脹破裂而溶出澱粉粒內部的分子。順帶一提,斷裂後的澱粉分子與蛋白質散入水中會使煮麵水變混濁,藉由混濁的程度也可以判別義大利麵的品質。
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5.好的義大利麵具有鮮豔的金黃色,麵條色澤一致,不應有深褐色的斑點,斑點多表示該義大利麵使用的杜蘭粗粒麵粉灰份(即礦物質)含量較高。麵粉研磨自小麥的胚乳部位,此部份灰份含量極低,若麵粉的灰份比例佔太高,就表示夾雜麩皮和胚芽,也就是研磨過程不夠精緻所造成。通常一級杜蘭粗粒麵粉的灰份含量必須小於0.9%。
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6.煮義大利麵的訣竅之一是在水裡加少許食鹽,待水滾後放入麵條,食鹽會使麵筋蛋白結構趨向更緊密,而使得澱粉粒在煮的過程中膨脹度受到抑制,因此溶出物就會減少而不黏鍋

2009年5月12日 星期二

[筆記]生命世界的旋光性

http://brc.se.fju.edu.tw/protein/structure/basic.htm#光學
參考資料: 魏耀揮等譯 生物化學原理 p83~85 國立編譯館
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自然界中所發現、具有一個不對稱中心的生物化合物,幾乎都只以一種空間異構物的形式存在,不是左旋便是右旋。除了沒有不對稱中心的甘胺酸之外,蛋白質的胺基酸都是左旋-空間異構物。經過對胺基酸的光學性質以及有機反應的許多化學試驗,我們獲得以上結論。有一些右旋-胺基酸的確存在於活體之內,但是它們卻從未在蛋白質內被發現過。
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構成蛋白質的胺基酸都是左旋-空間異構物是明顯可見的。因為普通不在生物體內、那些我們用來合成具有不對稱碳原子的化合物,其化學反應總是產生非光學活性產物;這是因為普通的化學反應以相等的速率產生左旋和右旋空間異構物,所以產物是消旋性混合物(racemic mixture或racemate),亦即左旋和右旋異構物之等莫耳混合物,而不會旋轉平面偏極光。
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消旋性混合物可以藉著物理分餾法被分離成左旋、右旋異構物。純粹的左旋或右旋異構物最後將會變成消旋性混合物。活細胞有特殊能力藉著空間特異性酶(stereospecific enzyme)來合成左旋胺基酸,由於這些酶的活性位置為不對稱,因此得以形成它們的空間特異性。

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http://www.sciscape.org/news_detail.php?news_id=126
左邊?右邊?----分子旋光性的新解釋
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生物最重要的兩種組成物質----胺基酸與糖類,分別為左旋和右旋分子。現在有一個新理論解釋生命為何這樣選擇。
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分子的旋光性最早由十九世紀的Pasteur發現。他發現酒石酸的結晶有兩種相對的結晶型,成溶液時會使光向相反的方向旋轉,因而定出分子有左旋與右旋的不同結構。
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這種差異在製藥上是關係重大的。不同的旋光性可能有不同的生理意義。舉葡萄糖為例,人體只能消化右旋型,因此左旋性便可做為人工無卡路里的糖精,而兩者都有甜味。理論上,完全使用右旋性分子的生命史是有可能出現的,但歷史選擇了左旋的蛋白質。沒有人知道為什麼。
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有幾種理論解釋。第一種推測由於陽光循環性的在極化,且偏好向較暗端極化,因此引發了早期地球上的光驅動反應中,生成的物質旋光性不再維持平衡,而偏向某一方。
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但另外有證據指出隕石上與地球物質有同樣的旋光性,因此地球上分子的旋光性偏向也可能是由隕石所引發。
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而Rikken 等人的研究則指出磁場可以和非極性的光(遠較極性光常見)作用,在分子由光驅動反應中形成時,促使分子旋光性偏向一方。實驗中當光由相反的方向通過磁場時,相反旋光性的分子會吸收較多的光能。這個結果暗示地球磁場與陽光的作用可能是分子具特定旋光性的原因,即使這個實驗結果在現實上發生的可能性微乎其微。
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http://203.68.20.65/science/content/1984/00010169/0005.htm
左‧左‧左又左
旋光物質的發現、理論及合成
(節錄)
酒石酸鉀(C4H5 O6 K)是葡萄汁中的成分,當葡萄汁中的糖分發酵成酒精之後,使得酒石酸鉀的溶解度降低而沉澱出來。鉀鹽加酸之後成酒石酸,1815年,比歐(Biot)發現分離出來的酒石酸有兩種同分異構物(C4 H6 O6),其一無旋光性,另一種卻具右旋性;就是說極化光通過酒石酸的結晶或溶液時,會向右改變方向。
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向右旋轉者訂為(+),dextro,向左者為(-),levo。
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直到1848年,比歐的助理巴斯德(Pasteur)重覆舊實驗,才發現右轉的酒石酸銨鈉〔Na(NH4) C4 H4 O6.4H2 O〕結晶形是不對稱的,好比只有右手。而無旋光性的酒石酸銨鈉卻有左手和右手兩種結晶形!
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他在放大鏡之下把左右兩種晶形分開,右形的結晶旋光向右,左形的結晶體旋光向左。將等量的左右形結晶配成溶液,其旋光性即消失!他告訴了比歐之後,比歐給了他一瓶自己早先測過,沒有旋光性的酒石酸,當面叫他作成銨鈉鹽,等慢慢地在空氣中結晶後,巴斯德將左形結晶分出來測定,果然是左旋的!
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巴斯德的結晶只有在28。C以下才會結成左右兩種晶形。如果從熱的濃溶液中結晶出來,分子式則為Na(NH4)2. C4 H3 O6.H2 O,晶形對稱,其中左右旋的化學成分各半,沒有旋光性,無怪乎前人沒見到。
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而且至今百年來,這種能以晶形之不同而分出左、右旋化合物之例子僅有九個!此後巴斯德又陸續發現了左轉的兩種胺基酸及蘋果酸,並研究分離左右旋酒石酸的方法:其一是將不旋光的酒石酸跟奎寧(植物鹼,具左旋性)形成有機鹽,則右旋的酒石酸鹽溶解度較低,先成結晶而析出,左旋的就留在溶液中。其二是把不旋光的酒石酸以黴菌處理,則右旋成分被破壞掉,而留下左旋的化合物。至今分離左右旋同分異構物仍舊沿用這兩種方法。
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1858年,克苦勒和庫伯首先提出碳是個四價的原子,上面接著四個單價元素的構想,而於1874年,范荷夫(van't Hoff)及勒貝爾(LeBel)則提出碳化物之立體結構論。他們推定碳以四個化學鍵,形成正四面體,來解釋旋光同分異構物。當四個鍵上接著四個不同的東西時,則其鏡像必與本身不同,兩者有如左右手稱作「對掌性」(chirality),而這中心碳原子稱作「不對稱碳」。這種具對掌性的鏡像異構物,旋光程度一致,但方向相反。其他的化學及物理性質則完全相同。當時范荷夫還是博士班的學生,正遲疑應否提出這種構想,因為已知之旋光化合物只有十幾個,化學權威如柯比(Kolbe)等就不相信,指責立體結構論是「幻想、純胡說、毫無根據、瘋子的論調」,經他一罵,卻替范荷夫和勒貝爾打開了知名度。其後十年,大家發現了更多的證據,柯比也已去逝,立體論遂被接受。至於價鍵之真正理論還等到二十世紀有了量子論之後才能解說完整。而且除碳之外,任何立體構造有對掌性的,即有左、右旋之可能。
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到了1891年,糖化學的老祖宗費雪(Fischer)把最簡單的醣類,丙二醇醛(glyceraldehyde)向右旋的那一種「規定」成「右型」(D-form)。其他醣類及胺基酸的化合物則比照排列,與D-型丙二醇醛排列相同者為D型,相反者為L型。當時大家對原子之存在還很懷疑,化學家雖然早已用球作原子,桿子作鍵來表示化學構造,卻沒有物理方法可以斷定化合物之真正構造。費雪也可以把右旋的丙二醇醛訂成L型──D、L只是個「規定」,不一定右旋或左旋!比如很多L型胺基酸的旋光性是向右的──就是說費雪猜錯的機率也有50%。1951年,范荷夫之「徒孫」皮勃特(Bijvoet)終於用X-光結晶法測知右旋的丙二醇醛,的確是如圖所示的D型。很幸運的,這沿用了五十多年的規定不必更改了。但為避免混淆,目前立體化學都採用R(rectus)和S(sinister)的系統:先依原子序或原子量決定碳上a、b、c、d之大小(假設a>b>c>d),將最小的d排在距眼睛最遠處,如果a到b到c是順時針方向的叫R型;反之為S型。
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酒石酸的構造中有兩個不對稱碳,每個碳有個鏡像,兩個碳就有2×2=4個鏡像,但是巴斯德只發現三種:左旋、右旋及對稱無旋光性的。其解釋如圖五,左旋(2S, 3S)和右旋(2R, 3R)的酒石酸互為鏡像異構物。而對稱的酒石酸(2R, 3S),其鏡像翻個180。就跟本化合物是一樣的,沒有左右手之分。
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從大自然的生物中所提取的化合物,如蔗糖、味精、盤尼西林等都具有旋光性,而由實驗室或化工廠所製成之化合物則為左右各半之混旋物,沒有旋光性!要把左、右分開可用巴斯德所發現的黴菌處理或製成衍生物的方法外,還有一種新的晶種分離法。以製造味精(麩酸鈉)為例,丙烯氰(化合物1)、一氧化碳及氫在鈷化合物催化下變成化合物2,再加入氰酸及氨水變成化合物3,化合物3在鹼中水解變成麩酸鈉(化合物4),是左右各半的混旋物。幸好此物中和成麩酸之後,加入少量的S型麩酸的結晶作種,於是先結晶出來的都是S型。天然的麩酸是S型(右旋),也只有S型有「旨味」,能使「清水變雞湯」。留存在溶液中的R型可放入硫酸中加熱,變回左右之混旋物,再度用(S)晶種來分。適用晶種分離的例子也很少。總之,人工之初產物都是左右各半的化合物,要經過分離及回收的手續,事倍而功半。
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要突破這種困境,則等到十多年前化學家比擬自然界發展出不齊合成(asymmetric synthesis)的方法,蒙山多(Monsanto)公司之諾士(Knowles)發明用一種含磷的化合物(化合物5)作催化劑,將化合物6氫化成胺基酸(化合物7)。由於化合物5具有對掌性,促使產物7的旋光性強度為純自然物(S型)之95%〔鏡像超度(enantiomeric excess, ee)〕,即產物中97.5%為S型,只有2.5%是R型!反應過程中,化合物6取代了5式右邊的環辛二烯,然後氫只能從化合物6的下面加進去,變成幾乎純是S型。化合物7水解之後為L-DOPA,是一種治巴金森(Parkinson)症的藥物。